ZUPANČIČ, Jernej. 1993: Socialgeographic transformation and national identity - the case of the Slovene minority in Carinthia (Austria). GeoJournal, let. 30, št. 3, str. 231-234.
ZUPANČIČ, Jernej. 1997: Slovenci v Avstriji : število, način poselitve, struktura, identiteta. Geografski vestnik, ISSN 0350-3895, let. 69, str. 115-138.
ZUPANČIČ, Jernej. 1998: Identiteta je merljiva. Prispevek k metodologiji proučevanja etnične identitete. Razprave in gradivo, ISSN 0354-0286, 1998, št. 33, str.253-268.
ZUPANČIČ, Jernej. 1999: Slovenci v Avstriji, Ljubljana: Inštitut za geografijo, 246 str
ZUPANČIČ, Jernej. 2000: Slovenci na Madžarskem. Razprave in gradivo, št. 36/37, str. 125-143.
ZUPANČIČ, Jernej. 2001: Slovenci v Italiji. Razprave in gradivo, št. 38/39, str. 94-109.
ZUPANČIČ, Jernej. 2002: Grenzüberschreitende Pendelwanderung aus Slowenien nach Österreich und Italien. Mitteilungen der Österreichischen Geographischen Gesellschaft, jhg. 144, str. 145-157.
KLEMENČIČ, Matjaž, ZUPANČIČ, Jernej. 2004: The effects of the dissolution of Yugoslavia on the minority rights of Hungarian and Italian minorities in the Post-Yugoslav states. Nationalities papers, let. 32, št. 4, str. 853-896.
ZUPANČIČ, Jernej. 2006: Geografski pristopi k proučevanju kriznih območij. Dela 26, str. 161-179.
ZUPANČIČ, Jernej. 2006: Geopolitične razsežnosti makedonskega narodnega vprašanja. Razprave in gradivo, št. 48/49, str. 124-154.
ZUPANČIČ, Jernej. 2007: Sodobni socialni in etnični procesi med koroškimi Slovenci. Razprave in gradivo, št. 53/54, str. 140-164.
ZUPANČIČ, Jernej. 2007: Romska naselja kot posebni del naselbinskega sistema v Sloveniji. Dela, 27, str. 215-246.
ZUPANČIČ, Jernej.2008: Albansko vprašanje v luči političnoteritorialne rekonstrukcije Balkana. Razprave in gradivo, št. 55, str. 6-49.
ZUPANČIČ, Jernej. 2008: Značaj in funkcije političnih meja v Evropi. Ars & humanitas, letn. 2, št. 1, str. 82-96.
ZUPANČIČ, Jernej. 2009: Političnogeografska analiza Balkana. Dela, št. 32, str. 85-134.
ZUPANČIČ, Jernej. 2012: Arabski prostor v geopolitični perspektivi. Dela, 38, str. 71-87.
ZUPANČIČ, Jernej.2013: Geopolitične perspektive srbskega vprašanja na Balkanu. Dela 40, str. 133-162.
ZUPANČIČ, Jernej. 2013: Kulturna geografija : raznolikost svetovnega prebivalstva in kulturnih pokrajin. 1. izd. Ljubljana: Znanstvena založba Filozofske fakultete, 261 str. (učbenik; 2019 druga dopolnjena izdaja)
ZUPANČIČ, Jernej. 2015: Spatial structure of Slovene ethnic settlements in the USA : the role and sense of spatiality among diaspora members. Studia Historica Slovenica letn. 15, št. 1, str. 87-104.
ZUPANČIČ, Jernej. 2014: Romi in romska naselja v Sloveniji, (Zbirka Razprave FF). 1. izd. Ljubljana: Znanstvena založba Filozofske fakultete, 255 str.
ZUPANČIČ, Jernej. 2015: O integraciji romskih naselij v slovenski naselbinski sistem. Razprave in gradivo, no. 75, str. 5-26.
ZUPANČIČ, Jernej.2015: Crisis urbanization and empty spaces : the spatial aspects of ethnic conflicts. V: WELLS, Maureen (ur.). Ethnic conflicts and global interventions, (Terrorism, hot spots and conflict-related issues). New York: Nova Science Publishers, str. 21-39.
ZUPANČIČ, Jernej. 2015: Geografija Balkana in njegovega obrobja. 1. izd. Ljubljana: Znanstvena založba Filozofske fakultete, 292 str, (univ. učbenik)
ZUPANČIČ, Jernej. 2016: The European refugee and migrant crisis and Slovenian response. European Journal of Geopolitics, no. 4, str. 95-121.
ZUPANČIČ, Jernej, 2017: Socialna geografija. Človek, prostor in čas. 1. izd. Ljubljana: Znanstvena založba Filozofske fakultete, 264 str, (univ. učbenik)
