Znanstvene monografije
Matej Šekli: Tipologija lingvogenez slovanskih jezikov. Linguistica et philologica, 37. Ljubljana: Založba ZRC, ZRC SAZU, 2018.
Matej Šekli: Primerjalno glasoslovje slovanskih jezikov 1: Od praindoevropščine do praslovanščine. Ljubljana: Znanstvena založba Filozofske fakultete, 2014.
Matej Šekli: Zemljepisna in osebna lastna imena v kraju Livek in njegovi okolici. Linguistica et philologica, 22. Ljubljana: Založba ZRC, ZRC SAZU, 2008.
Znanstveni prispevki
Matej Šekli: Izvor pridevnikov tipov bukov in lipov/češnjev v slovenščini. Slavistična revija 67/2 (2019). 281–289.
Matej Šekli: Mladšie romanizmy v slovenskom jazyke (na materiale "Obščeslavjanskogo lingvističeskogo atlasa", vypuski 11 i 12). Trudy Instituta russkogo jazyka im. V. V. Vinogradova 15 (2018). 56–77.
Matej Šekli: Členek med prislovom in veznikom (na gradivu jezika Brižinskih spomenikov). Jezikoslovni zapiski 23/2 (2017). 301–318.
Matej Šekli: Gramatikalizacija glagolskih predpon: krajevni pomen, vrsta glagolskega dejanja, dovršnost. Erika Kržišnik, Miran Hladnik (ur.): Toporišičeva obdobja. Obdobja 35. Ljubljana: Znanstvena založba Filozofske fakultete, 2016. 189–197.
Matej Šekli: Old Romance place names in early South Slavic and late Proto-Slavic sound changes. Linguistica 55 (2015). 103–114.
Matej Šekli: Semantische Felder der deutschen Lehnwörter im Slowenischen. Slavica Tergestina 16 (2014/2015). 144–168.
Matej Šekli: Zemljepisnojezikoslovna členitev kajkavščine ter slovensko-kajkavska jezikovna meja. Slovenski jezik – Slovene linguistic studies 9 (2013). 3–53.
Vse publikacije (COBISS): http://splet02.izum.si/cobiss/bibliography?code=23441.